Kontrola wykazała, że niektóre projekty były opóźnione o lata, co miało istotny wpływ na wzrost kosztów. Na przykład w przypadku przebudowy 59 projektów priorytetowych, które są uważane za kluczowe dla zabezpieczenia celów strategicznych i zobowiązań międzynarodowych, MoD prognozował w 2013 r. koszty w wysokości 226,5 mld CZK. Jednak obecne szacunki wynoszą już 441 mld CZK, czyli są o 95% wyższe. Tylko 9 z 39 zdefiniowanych projektów, czyli mniej niż jedna czwarta, zostało zakończonych w terminie.
Opóźnienie ma również wpływ na projekty dotyczące transeuropejskiej sieci transportowej, co zagraża realizacji celu określonego w rozporządzeniu UE, zgodnie z którym linie w głównej sieci transeuropejskiej mają zostać zmodernizowane do 2030 roku. Należą do nich linie Brno - Přerov oraz Praga - Kladno z połączeniem z lotniskiem Václava Havla w Pradze.
Modernizacja linii Brno - Přerov ma zostać zakończona w 2031 roku, co oznacza sześcioletnie opóźnienie w stosunku do pierwotnego planu. Ukończenie linii Praga - Kladno z połączeniem do portu lotniczego im. Václava Havla w Pradze zostało przesunięte o cztery lata na rok 2029. Koszty modernizacji dwóch etapów tej linii zostały obecnie ustalone przez SŽ na 42,7 mld CZK, czyli o 13,1 mld CZK więcej niż pierwotne założenia. Wynika to m.in. ze zmiany projektu technicznego tuneli drążonych czy powstania nowych przejść podziemnych.
Zarząd Kolei nie zgadza się jednak na to:
"Niestety musimy stwierdzić, że w audycie porównano nieporównywalne ilości pod względem zakresu czynności i budowy, pod względem czasu, zakresu projektu technicznego oraz rzeczywistych cen. W niektórych przypadkach jednocześnie realizowano bardziej wymagające technicznie, a tym samym droższe rozwiązania realizacji robót" - sprzeciwia się zarząd kolei.
Według SAO, biorąc pod uwagę wzrost kosztów projektów priorytetowych o 95%, istnieje ryzyko, że nie będzie możliwe zabezpieczenie wystarczającej ilości pieniędzy na realizację wszystkich tych projektów.
NOK zbadał szczegółowo 15 ze 156 projektów mających na celu rekonstrukcję, modernizację, rewitalizację i zwiększenie prędkości linii. Wartość skontrolowanych projektów wyniosła prawie 105 mld CZK. W siedmiu skontrolowanych projektach procedura planowania lub budowy była opóźniona, ponieważ SŽ złożyła niekompletny wniosek i trzeba było przerwać procedurę. Najczęściej brakowało zgody właścicieli gruntów, których dotyczyła budowa. Na przykład w przypadku projektu "Rewitalizacja linii Rokycany - Nezvěstice" procedura planowania trwała prawie cztery lata.
Spośród 15 skontrolowanych projektów pięć jak dotąd osiągnęło cele polegające na zwiększeniu prędkości na linii lub skróceniu czasu podróży. Dwa projekty nie osiągnęły jeszcze celów, a pozostałe osiem nie mogło zostać zweryfikowane, ponieważ nie zostały jeszcze zakończone.
